Jean-Charles Ablitzer est titulaire de l'orgue historique de la Cathédrale Saint-Christophe à Belfort.

Il mène une carrière internationale de concertiste. En France, il est invité par des festivals réputés (Avignon, Bach en Combrailles, La Roque d'Anthéron, Masevaux, Musique et mémoire, Contrepoints 62, Basse Navarre, Toulouse les Orgues...). Il participe également à des émissions télévisées et radiodiffusées. Il a été régulièrement l'invité de France Musique dans l'émission Organo pleno.

En parallèle à ces activités, il travaille avec des chanteurs et instrumentistes. Il collabore particulièrement avec le baryton catalan Josep Cabré. Durant près de 15 années la Fondation Royaumont l'a engagé en qualité de continuiste et comme organiste de l'ensemble Il Séminario Musicale dirigé par Gérard Lesne.

Jean-Charles Ablitzer a initié à Belfort la construction d'instruments aux esthétiques sonores affirmées : l'orgue de l'église Sainte-Odile, construit dans le style italien par Gérald Guillemin en 1979, ainsi que l'orgue nordique du temple Saint-Jean, construit en 1984 par Marc Garnier. Dans le cadre de l'enseignement qu'il a dispensé au Conservatoire de Belfort de 1971 à 2007, ces instruments, complémentaires à celui de la Cathédrale Saint-Christophe, se sont révélés de précieux outils pédagogiques. En 2017, un orgue de style ibérique commandé aux facteur d'orgue espagnols Christine Vetter et Joaquín Lois Cabello (inauguré en juin 2018) est venu compléter ce patrimoine organistique.

En 2005, il prend l'initiative du projet de la réhabilitation et reconstruction de l'orgue mythique (1596) du château de Gröningen en Allemagne, instrument joué par Michael Praetorius pendant toute la durée de son poste de maître de chapelle au service du duc de Brunswick. En reconnaissance de son rôle de fondateur pour ce fabuleux projet, il est élu Président d'honneur de l'association OGR (Organum Gruningense Redivivum) à Halberstadt en Allemagne.

En 2000, Jean-Charles Ablitzer est nommé Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres par le Ministère de la Culture et de la Communication, et en novembre 2010, Chevalier de l'Ordre national du Mérite.