En 1749, la ville de Belfort passe commande d’un orgue à Jean-Baptiste Waltrin. Cet instrument est destiné à la nouvelle église Saint-Christophe dont la construction, commencée en 1727, est en voie d’achèvement. Joseph Waltrin, le père de Jean-Baptiste, avait construit l’orgue de l’ancienne église Saint-Denis, devenue trop petite et promise à la démolition. Jean-Baptiste Waltrin propose un instrument de trente jeux répartis sur trois claviers et pédale. Le buffet de chêne est orné de nombreux éléments sculptés et dorés à la feuille. Le couronnement des tourelles du grand orgue est surmonté d’anges musiciens qui pourraient être l’œuvre d’Antoine Cupillard, lequel réalisa bon nombre de sculptures dans la nouvelle église.

L’orgue passe sans encombre la période révolutionnaire, probablement maintenu en place grâce aux engagements révolutionnaires de son titulaire, Nicolas Netzer. La première intervention significative est due à François Callinet au début du XIXème siècle. Il augmente la tessiture du clavier de deux notes et avance le buffet pour le protéger de l’humidité. La seconde intervention des frères Callinet a lieu en 1848. Joseph Callinet entreprend alors une importante restauration et élargit l’instrument en plaçant deux tourelles et une plate-face sur chaque côté. Il place l’ensemble sur une deuxième tribune située en hauteur et installe un récit au-dessus du grand Orgue. Des jeux de transition entre l’époque baroque et romantique tels que gambe et salicional font leur apparition. Joseph Callinet conserve toutefois une grande partie du matériel sonore de Waltrin.

Après les importants dégâts infligés à l’instrument par le siège de Belfort en 1870, Claude-Ignace Callinet intervient peu après en accentuant encore la couleur romantique de l’orgue. Au début du XXème siècle, l’orgue subit les outrages habituels à cette époque de décadence de la facture d’orgue et le manque de compétence des artisans. Une console pneumatique est installée à l’intérieur du buffet du positif de dos et l’instrument végète pendant de nombreuses années, avec beaucoup de problèmes, tout juste jouable.

En 1966, au cours d’une tempête, la chute d’un mur de brique sur l’instrument entraîne des dégâts considérables. Après une expertise confiée à Michel Chapuis, les établissements Schwenkedel de Strasbourg entreprennent une reconstruction totale de l’instrument incluant une restauration minutieuse des jeux anciens, encore présents en grande quantité (environ 70%). L’orgue actuel comprend 52 jeux répartis sur 4 claviers et pédale. Le 7 mai 1971, l’orgue est inauguré par Michel Chapuis.

En 2012 est effectué le premier relevage de l’instrument confié à Peter Meier pour toute la partie mécanique et dépoussiérage, à Marco Venegoni pour la vérification de la tuyauterie ainsi qu’à Jean-Marie Tricoteaux pour l’harmonisation et l’accord. Ce dernier avait déjà participé en grande partie à l’harmonisation lors de la reconstruction de 1971.

Composition de l'orgue
*jeux neufs de Schwenkedel

• Accouplement Positif / Grand-Orgue
• Accouplement Récit / Grand-Orgue
• Tirasses Positif, Grand-Orgue, Récit
• Tempérament égal
• Traction mécanique
• Tirage des jeux mécanique